Sengketa sejarah integrasi politik, nasional papua, kesenjangan pembangunan, tindak kekerasan dan pelanggaran hak asasi serta kisah marginalisasi orang Papua, menambah panjang litani penyebabnya. Konflik ini juga membentang panjang dalam sejarah, rentan ditunggangi, dan melibatkan banyak pihak. Tidak heran konflik Papua ini telah menjadi konflik multidimensi.